Pada jaman dahulu di wilayah utara Sungai Ngrowo tumbuh banyak pohon Sentul. Pada waktu itu sudah banyak warga yang menempati wilayah tersebut, dengan mata pencaharian menganyam dan membuat kerajinan dari bamboo. Kehidupan masyarakat wilayah tersebut masih sangat sederhana dan kurang pengetahuan. Pada saat itu muncul seorang warga yang bernama Sastro Dihardjo yang tampil menjadi pemimpin masyarakat di wilayah tersebut.

                Karena daerah tersebut banyak pohon Sentul maka oleh Sastro Dihardjo mengadakan musyawarah dengan warga setempat. Musyawarah tersebut untuk memberi nama wilayah yang ditempati dengan sebutan nama Sentulan.

                Sedangkan untuk wilayah selatan Sungai Ngrowo pada jaman itu masih berupa hutan yang banyak ditumbuhi pohon jati. Warga masyarakat di daerah tersebut masih sedikit disbanding daerah Sentulan. Pada waktu ada seorang demang yang bernama Demang Sowiryo dan seorang tokoh masyarakat yang bernama Tamsit, yang sangat berperan di daerah tersebut.

                Melihat di daerah tersebut belum ada wadah untuk Pendidikan agama, lalu muncullah seorang kiai yang mengajak warga di situ untuk mendirikan sebuah Pondok Panggung yang terbuat dari kayu jati. Pondok itu kecil tapi megah, lama kelamaan pengikut di pondok tersebut makin banyak dan pondok tersebut semakin diperluas, akhirnya Demang Sowiryo, Tamsit, dan kiai tersebut bersama warga menamakan daerah tersebut dengan sebutan Panggungrejo. Sedangkan daerah yang ditumbuhi alas jati, di mana alas itu makin lama makin gersang, dan daun-daunnya semakin rontok (brindil) maka daerah tersebut diberi nama Bendil.

                Berkembangnya jaman, maka pada tahun 1942, Sastro Dihardjo diangkat menjadi Kepala Desa Panggungrejo. Pada masa itu kehidupan masyarakatnya masih kurang sejahtera dan daerah tersebut sering dilanda banjir. Tapi Sastro Dihardjo tidak pantang menyerah. Beliau terus berjuang untuk memajukan dan memakmurkan warganya. Karena munculnya nama-nama wilayah tersebut, maka dimusyawarahkan bahwa nama desa ditetapkan dengan sebutan Panggungrejo, sedangkan Bendil dan Sentulan dijadikan nama dukuhan, dengan alasan kedua wilayah tersebut dipisahkan oleh keberadaan Sungai Ngrowo.

                Pada waktu itu untuk menghubungkan kedua dukuhan itu dibuatlah jembatan kecil yang terbuat dari bamboo. Karena jembatan tersebut sering rusak dan kurang lebar, maka Sastro Dihardjo pada tahun 1955 membuat jembatan dari kayu jati. Sejak itu hubungan antara kedua dukuhan semakin lancar dan kehidupan masyarakatnya semakin baik.

                Pada tahun 1965 dimana masa itu masih ramai masalah PKI (Partai Komunis Indonesia), Sastro Dihardjo selaku sebagai kepala desa, sempat dipanggil Ndoro Seten untuk diamankan, sehingga pemerintahan Panggungrejo vakum beberapa saat, sampai akhirnya pada tahun 1968 terjadi pergantian kepala desa baru, yang bernama Adam.

                Dengan kepemimpinannya, masyarakat semakin maju dan Makmur, dengan jelas beliau mengumpulan uang googol dari 72 anggota dan setiap tahun lama dari uang googol itu digunakan untuk pengentasan kemiskinan dan sisanya dikumpulkan sampai bisa membeli lahan untuk kantor desa. Pada tahun 1975, bisa mendirikan kantor desa dan selanjutnya bisa membangun mushola yang ada di muka kantor desa tersebut.

                Dari sejarah tersebut di atas, dapat disimpulkan bahwa Kelurahan Panggungrejo terbentuk karena adanya Pondok Panggung, yang makin lama makin ramai atau istilah orang Jawa adalah rejo penghuninya, dan nama Dukuhan Sentulan terbentuk dari banyaknya pohon Sentul, sedangkan nama Bendil muncul karena banyaknya pohon jati yang rontok daunnya atau istilahnya brindil.

                Adapun pimpinan pemerintahannya di Panggungrejo, diantaranya:

                Tahun 1926 – 1942           Demang Sowiryo

                Tahun 1942 – 1965           Sastro Dihardjo

                Tahun 1965 – 1968           Vakum tidak ada kepemimpinan

                Tahun 1968 – 1988           Adam

                Pada tahun 1981 Desa Panggungrejo diubah menjadi Kelurahan Panggungrejo.

                Tahun 1988 – 1990           Imam Suhadi

                Tahun 1991 – 1996           Suyanto

                Tahun 1997 – 2000           Kusmadi

                Tahun 2000 – 2002           Darmaji

                Tahun 2002 – 2010           Darmadi

                Tahun 2010 – 2013           Rakidi, S.Sos., M.Si

                Tahun 2014 - …                  Kuntjoro, SH

                Pentingnya pengarsipan dijadikan sebagai tolak ukur perkembangan maupun kemunduran dari sebuah produk kemasyarakatan. Maka dari itu pentingnya kebersamaan di dalam memajukan pemerintahan desa maupun kelurahan, memang dibutuhkan, mengingat suatu daerah memerlukan sentuhan di dalam pengembangan dan pemberdayaan potensi yang ada.